Por eso considero una buena idea, aislar el Front del Back. Si se aplicara el patrón MVC en php propuesto para una aplicación que tuviera el típico front público, la web, y su administrador, el back, donde poder editar esa información, nos encontraríamos ante un pequeño problema.

Los controladores del front y del back estarían mezclados, también sus modelos y vistas. Al compartir sus modelos por ejemplo, compartirían todos los métodos. Es decir, que si alguien consulta la vista de noticia en el front, se está cargando un modelo que además de tener el método que proporciona la información para esa vista, también estaría cargando otros métodos que sirven para realizar las operaciones conocidas como CRUD o ABM (altas, bajas y modificaciones), o cualquiero otro método que fuera propio del back..

Esto no tiene sentido, bajaría la performance del sitio, y sería más confuso en lo que al código se refiere.

Adaptaré el patrón MVC propuesto en el Back, y otro en el Front. Por tanto se generarán dos index.php que cargarán aplicaciones diferentes.